Μετά την άρνηση της Αννας Καφέτση να παραιτηθεί, όπως της είχε ζητηθεί,ο υπουργός προχώρησε σε ανάκληση της ανανέωσης της θητείας της, η οποία έληγε το 2016.
Σύμφωνα με το ΦΕΚ, οι λόγοι απομάκρυνσης της διευθύντριας του ΕΜΣΤ άπτονται του δημοσίου συμφέροντος, επισημαίνοντας ότι «για λόγους δημοσίου συμφέροντος είναι άμεση και επιτακτική ανάγκη η ολοκλήρωση του έργου «Μελέτη, Κατασκευή και Εξοπλισμός του ΕΜΣΤ», το οποίο έχει ενταχθεί στο Π.Ε.Π −Αττικής− ΕΣΠΑ 2007−2013, καθώς και η έναρξη λειτουργίας του Μουσείου».
Η απόφαση υπογραμμίζει την «διάσταση μεταξύ των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου και της διευθύντριας του Εθνικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης και αφορά, μεταξύ άλλων, στις ενέργειες που απαιτούνται για την ολοκλήρωση των εργασιών στο κτίριο ΦΙΞ και την μετεγκατάσταση εκεί του Μουσείου, διάσταση η οποία έχει αποτυπωθεί σε άρθρα έγκυρων εφημερίδων», αναφέρει χαρακτηριστικά το ΦΕΚ. Όσον αφορά την έλλειψη συνεργασίας αυτή οφείλεται «και στη συμπεριφορά της διευθύντριας του Μουσείου, η οποία μεταξύ άλλων, δεν υλοποιεί τις αποφάσεις του Δ.Σ όπως σαφώς προκύπτει από τη σχετική αλληλογραφία.»
Η επί 14 χρόνια διευθύντρια του ΕΜΣΤ, Αννα Καφέτση, μετά την οριστική απομάκρυνσή της, επιστρέφει στην οργανική της θέση στην Εθνική Πινακοθήκη « που κατείχε πριν τον διορισμό της στο Εθνικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης, η οποία παραμένει κενή» αναφέρει το ΦΕΚ, με ημερομηνία 24/11. Αναμένεται δημοσίευση νέου ΦΕΚ, με το οποίο θα διοριστούν τα μέλη του ΔΣ του Εθνικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης καθώς και ο νέος διευθυντής του
