Το ενδεχόμενο χορήγησης κρατικών ενισχύσεων ύψους 10 δισ ευρώ προς τον ΟΣΕ, όσο είναι και το συνολικό χρέος του Οργανισμού, εξετάζει η Διεύθυνση Ανταγωνισμού της Ευρωπαϊκής Ένωσης, χωρίς ωστόσο, μέχρι στιγμής, να έχει προκύψει κάτι το επιλήψιμο.
Η υπόθεση ξεκίνησε το 2011 με την αναδιοργάνωση του Ομίλου ΟΣΕ και των εταιρειών που υπάγονταν στον Όμιλο. Η έρευνα αφορά σε δάνεια ύψους 10 δισ ευρώ που σύναψε ο ΟΣΕ κατά την περίοδο 1997 – 2010, με εγγύηση του ελληνικού δημοσίου, για τα έργα σιδηροδρομικής υποδομής. Από το Υπουργείο Μεταφορών δηλώνουν ότι τα χρήματα του δανεισμού πήγαιναν για τα έργα στην ΕΡΓΟΣΕ και δεν υφίσταται θέμα κρατικών ενισχύσεων.
